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**一番切れない制限酵素**

1 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/15 02:23
安いものほど良く切れる!
高い奴ほど全く切れない!
しかも、買った当初からチューブのそこに「辛うじてある?」程度の量しかない!

今まで使った制限酵素の中で一番切れないのを上げてみよう!

2 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/15 07:50
SfiI

3 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/15 09:05
メジャーなのに性根悪いのはKpnIだな。東洋紡のはやたらスメアになる。
見捨ててNEB使ってた。

4 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/15 19:21
PmeI

5 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/15 19:54
>メジャーなのに性根悪いのはKpnIだな.

そりゃ、plasmidのprepの残留塩だよ。
70% EtOHでよく洗えば切れるようになる。

6 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/15 20:25
新人が入ってきて2ヶ月ほどから切れが悪くなる。

7 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/15 21:20
>>6
100点満点

8 :3:01/10/15 21:23
>>5
そりゃいちおう理解してる・・・でも会社によって性能違うからなあ。
東洋紡の方が著しく安価ならしょうがないと思うが。

9 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/15 21:33
ProK

10 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/16 00:48
NdeI

11 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/16 01:10
どのメーカが良い?
とーよーぼー?neb?

12 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/16 06:19
TOYOBOは悪い
NEBはそれに比べて良い気がする。
Promegaの酵素は外れた事が(今の所)ない。
タカラは標準的な気がする。
うちのラボはタカラが多いからかも知れないけれど。

13 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/16 22:26
>>6
禿しく同意

14 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/16 23:07
KpnI,SfiI,MboIは長持ちしない。

15 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/16 23:23
>KpnI
ホント?
一年前の使ったけど切れたよ、、ちなみにタカラ

16 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/18 00:33
昨日KpnI使った。
このスレ見た後だからちょっとひんやりした。そして切れなかった……

Lバッファー使用の癖に、スター活性があるなんて嫌いだぁ!!

17 :名無しゲノムのクローンさん :01/10/29 22:13
KpnI(NEB)に一票。

18 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/29 22:26
通はKpnI site切る時は、Asp718を使う。
これ最強。問題無くなる。良く切れる。
でも5'凸だから気を付けてね。

19 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/30 19:34
>>18
って、何で?

20 :名無しゲノムのクローンさん:01/10/30 19:45
NdeIも残留塩や大腸菌残骸由来低分子に弱いみたいだね
ってNEBのカタログにかいてあるね。
キットをつかって精製すれば、よく切れるようになるよ!

21 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/01 23:36
うちもNEBのKpnIだけれど切れないなぁ。
たからにしてみるか。

22 ::01/11/01 23:50
EcoR69(シックスナイン)

23 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/02 13:05
SalI

24 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/02 13:20
おれもKpnIじゃなくてAsp718を使う。本当に最強。
高塩濃度で使えるから、mini prep後でも塩の影響を受けにくいだけでなく
double digestionもしやすい。
使いにくい酵素AccI
SalIも切れるのでうっとうしい。
MscI Dam Methylaseによくひっかかる。
どう?

25 :フォルア!!:01/11/02 15:54
Kil893IIに決まってるだろが。

26 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/02 16:10
フォルア!!さんへ
本当にそれつかわんとあかんかったの?
ストらてじーの敗北ちゃうかー。

27 :名無しゲノムのクローンさん :01/11/02 19:03
SaIIは切れるじゃろう、>>23

28 :フォルア!!:01/11/02 19:36
>>26
Kil893II → キルやくざ(・∀・)イイ!
ってオチなんですけど。。。

29 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/02 20:22
>27
SalIは認識サイトの周りの配列によっては切れにくくなるよん 塩を足すと活性が上がります。

30 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/03 00:59
>>28
面白くないよ。

31 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/03 01:25
>>29
スター活性高まりそうだな。平気?

32 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/03 01:29
Kpn氓ノ一票。

この酵素とこの酵素の切れ目はくっつくっての教えて下さい。

33 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/03 12:46
昔のTakaraのカタログには書いてあったけど。

34 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/03 13:03
NEBのカタログがこの手の酵素についての情報ではいちばんでしょう。
酵素数も多いし勉強になるよ。

35 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/10 12:54
コンストラクション続行中age

36 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/10 15:12
ZipFX。
ベリー、キレテナーイ!

37 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/10 16:43
Nde I なんか切れ残りが多い控訴だのう。
メジャーな控訴の中では、Xho Iかのう。
意外に目地れーしょんがきついのは、Xba Iかのう。

38 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/10 20:50
スロンビン。これが切れにくい。

39 :実験医学:01/11/10 22:03
Acc65I
NdeIの哀訴才ぞまー

40 :実験医学:01/11/10 22:07
200U(6000円)相当使って4時間で10μgのうち半分しか斬れん
3000円返せ!NEBよ

41 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/11 03:26
>40 で、
なにが。

42 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/11 04:10
(ふかわりょう風に)
お前のDNA、なんかすっぱいな! >>40

43 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/15 01:00
各社のバッファー組成が微妙で、ダブルダイジェスチョンの時悩む。
BSA淹れるのはどうよ?

44 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/15 15:26

面倒くさがらずにフェノール抽出・エタ珍して次切れよ

45 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/15 21:27
折角のプラスミドをロスってしまうし。

46 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/15 21:39

自分でバッファー作れよ。

47 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/15 23:46
XmnIに一票

48 :ななし:01/11/16 00:09
ScaI。切れにくい。
BamHI へたってスター活性が出やすい。よく切れるが。
あと、高温で切る酵素はあまり使いたくないな。

49 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/16 01:06
ClaIでちっともプラスミドが切れません。
インサートをPCRしたときはきちんと切れたのにー

もちろん、ネタですが。

50 :ななし:01/11/16 01:11
ネタだねぇ。初心者がよく落ちるワナ。

51 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/16 01:26
うちのBamHI、全然切れなくなっちゃった… なんでだろ…
EcoRIと一緒にしとくとインサートが見えるので切れてるような気がするんだけど、
で、EcoRI bufferとBamHIだとやっぱ切れない… 昔は切れたのに… なんでだろ…
水でQiaPrepから流しだしたプラスミドでも切れないし… 捨てるしかないか…
#同室研究者の「緑コロニーばっか」発言と状況が一致

52 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/16 03:01
BamHI siteがもともと無いんだろ。

53 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/16 17:12
頼むGよ、酵素を水で薄めて返却するのは止めてくれ。
あんたもういい年なんだから、過剰量主義は卒業してくれ。
うちのラボは酵素が出荷時よりも増えて、しかも凍る。
それもあんたが使った後に限ってだ。みんな酵素が切れなくて困ってるんだよ。
お願いだから目を覚ましてくれ。1マイクログラムのDNAきるのに50unit
の酵素は入れすぎだってば。

54 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/16 18:37
↑酵素は切れないけど、俺は切れるね。

55 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/16 18:40
>54
怒りっぽい人は嫌い カルシュウムとってる?

56 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/16 18:44
>>53
on iceでずっとフタ開けっ放しにして結露したのでは?

57 :51:01/11/17 00:15
>>52 昨日やったら切れた… この日和見クソ酵素が!
しかし、2ヶ所あるはずのBamHIサイトが一ヶ所しかなさそうで、
変わりに1ヶ所しかないはずのEcoRIが2ヶ所ありそうなことが判明(鬱)

58 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/21 21:11
SalI

59 :名無しゲノムのクローンさん:01/11/22 00:42
>>49
Cla1 siteはBan3て酵素で良く切れます。
安いし良くきれる。

60 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/04 00:39
EcoRIのスター活性ってどれくらいなんだろぅ。

61 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/04 09:15
一番切れそうにないもの、手を付けちった後輩理系DQN女との縁
一番切れそうになるもの、バカ教授とのディスカッション

62 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/04 11:48
バカは自分と心得よ。

63 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/08 00:49
制限酵素は、時々こっちの心を読んでいるのではないかと思うくらい、日和見で切れる。
焦っているときに限って切れない。

64 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/02 16:35
はじめまして
ゲノム研究をしたことがありません
大変興味があります
制限酵素って何ですか
わかりやすく教えてください。お願いします。

65 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/02 17:41
制限酵素とは、簡単にいうと塩基配列の特定の配列を認識して切断する酵素です。
例えば Eco RI なら GAATTC とか。
それぞれの酵素で認識する配列が違うから、DNA の好きなとこを切ったりできるよ。
あと、同じ切り口でくっつけたりするのも可能なんで(リガーゼとかで)好きに配列をいじれるよん。

66 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/03 11:25
ちいさなDNAや制限酵素をどのように触ってどのように配置するとか
知りたくなったのですが

67 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/04 11:43
>66
実際に扱うときは、いずれも溶液の形で扱います。
濃度が分かっていれば、精密なピペットではかることで任意の量を取り扱えます。

68 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/04 17:43
Xba1のDamメチレーションにひっかかった事があります。

>>32
こんぱーちぶるはNEBのカタログに出ているはずです。かなり詳しく。
私はBamH1/Bgl2とSal1/Xho1の2パターンくらいしか使いませんが。

69 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/04 17:55
ユニット当たり値段の高い酵素が切れにくかったりすると、
腹立ちますよね。
まだ名前が挙がってないようですが、もとNEBの子会社だった
FERMENTAS(たしか和光から入手可能)が安価。
Acc65I(KpnIサイトを5’突出で切ります)もそこの酵素です。
(NEBは転売してるのだ)

70 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/04 23:16
高い方が切れない。
これ常識

71 : :02/01/05 23:14
ドイツではFERMENTAS/MBIがメジャーです。でも、独自のアイソシゾマーが多いので、混乱するぞー。

XhoIはライゲーション効率が悪いなあ。あとSal Iも時々。

NEBのSal Iは切れが良くないのでTAKARAのを使っていたなあ。

72 :胴圍:02/01/05 23:24
たからのさるわんはさいきょう

73 :アイソシゾマー当て:02/01/05 23:38
>>72 な〜、そう思うやろ!

問題:以下のFERMENTASのアイソシゾマーとプロトタイプとなった酵素を対応させよ。

FERMENTASの酵素:BcuI, Bsp68I, Bsu15I, Cfr42I,Eco32I, Eco52I, Eco91I, Eco130I, Eco147I, Mph1103I,PaeI,PdiI
プロトタイプ:AvaIII, BstEII, ClaI, EcoRV, NaeI, NruI, SacII, SpeI, SphI,StuI, StyI, XmaI

全然わからへんぞ〜、ゴルァ!

74 :15時間待っている男:02/01/06 00:55
XL1-Blue 増えるまで暇なんで。

BcuI...SpeI
Bsp68I...NruI
Cfr42I...SacII
Eco32I...EcoRV
Eco91I...BstEII
Eco130I...Styl
Eco147I...StuII
PaeI...SphI
PdiI...NaeI

あと、わかる人、よろしく。

75 : :02/01/06 01:20
Competent Cell作り?だったらXL2-Blueの方が効率良いと思うが。

あんたエライ!そこまでの正答率100%!そちらのラボでは、日本では多分珍しいFERMENTAS使ってるん?

76 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/06 04:44
ちょっと質問。
メチル化DNAの影響を受けないPstIのIsoschizomerってありませんか?

77 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/06 07:31
ニッポンジーンの制限酵素を使っている人いる?
TakaraやToyoboに比べるとあまりにマイナーなので
注文するのをためらってしまうのだが・・・

78 : :02/01/06 07:33
Age Iを前のラボで使っていた。当時は確かあそこからしか入手できなかった。
他の酵素も時々使っていたが、特に問題なかった。

79 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/06 13:09
ファーメンタスって何?

80 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/06 17:54
>>79
元NEBの子会社で、今は独立したバイオ会社。
リトアニアに本社があります。製品はまあまあ
安定しており、制限酵素以外にも使える酵素
など多数あります。日本でも一部代理店が輸入してる
はずです。(和光とか)
カタログがこれ意外にもよいです。これだけでも
入手されては。
ちなみに当方は当企業とは全く関係のない、
海外研究者です。

81 :79:02/01/07 12:37
<<80
レスありがとうござい〜。
分子生物学に興味を深く持った(一生をかけて狂牛病の撲滅をやりたいと思って)
ものの、僕はまだ大学にも入ってない素人です。
バイオテクノロジーにはどれくらい種類があり(分子生物学とかプロテオミクスとか)
研究費がドレくらいかかり
研究はどれくらい盛んなのか、どこで盛んなのか教えてください

それで、そのカタログはどうやって得られますか?研究手順やらも教えてくれたら
うれしいです。

82 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/07 17:06
>>81
とりあえず、君は一生大学に入らないほうが良い

83 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/07 17:18
>>81
狂牛病の研究なら本場イギリスでしょう。
生物の研究はそれほど資格はいりませんが、英語は必需!

84 :79:02/01/07 19:10
ごめんなさい、むかしのくせがでた。
いぎりすですか、どうも

85 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/07 23:46
ゲノムライブラリー作ろうとしてるんですけどNruIって切れ具合どうですか?

86 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/08 00:16
うちの大学の教授は朝から切れまくり。
だけか切れないようにできないか?

87 : :02/01/08 00:19
メチラーゼでその教授を処理しろ。
Nru Iは、自分の経験ではあまり切れが良くなかったような。

88 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/08 00:23
Bal I は扱いにくい印象ですが、どうですか。
Kpn Iって、そんな難しいですか?
TaKaRaでもNEBでも、切れなかったこと皆無ですが。

89 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/08 00:30
Bal IはNEBのイソシゾマーを使っていたが、プラスミド切る分には問題はなかったなあ。
Kpn Iも普通の切り張りで特に問題を経験したことはないな〜。

90 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/08 02:38
>>70
ユニット当たり一番高価な酵素はどれかな?
KpnIは一番安い部類でしょう。

昔はNotIでプラスミド切ってたら、ボスにいい顔されなかった。

91 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/08 04:40
多分NEBのSfaN I当たりではないかと思われ。

92 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/08 13:53
TOYOBOのMnl1は500Unitsで134,000yenだ。

93 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/08 21:06
>>92 NEBやFERMENTASのMnl Iを使えば?
1Unit当たり300円弱だから、まだ上がある。

94 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/09 02:15
>>77ニッポンジーンも随分早くから制限酵素に手をつけてたような・・・?

95 :79:02/01/09 10:27
断片的な記憶で育ったから大学で何やってるかわからなかった。神学でもしてるかと思った。
僕がアフガン情勢をいじった気がしてならないんだけど。あの情報戦しょぼかったね。
秘密事項を守る自信はありますと言ったら面接大丈夫かな
社会的、組織的に重大なことにきづいた精神病の病み上がりなんだけど
人並みの付き合いができたら大学までは大丈夫ですか?

96 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/09 11:15
うわ〜。こわいよ〜。
真正の電波だよ〜

97 :79:02/01/09 16:05
すまん、ほっといて続けて

98 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/21 01:02
優良スレあげ。

99 :M2 ◆8fbZZkx. :02/01/21 04:15
漏れはPst1あんまり好きじゃないなり。。
至適塩濃度高いし、良く切れるんだけどね。
なんか変な失敗おおい。
白コロニーでインサートナシとか(涙
ライゲーション効率も悪いような気がする。
カタログでも見てみるか。。。

みなさんも個人的に嫌いな制限酵素ないですか?

100 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/21 05:19
きらいな酵素といえばBclI。
認識サイトがあっても使えない・・・
ホントは使えないわけじゃないけど。
これに気付かずはまった教官も・・・


101 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/21 06:24
>>100 damかdcmと重なっているんだっけ?ホストにJM110とか使うしかないな。

102 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/21 11:09
今まで使った一番高い制限酵素と言ったら??

103 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/23 19:03
プライマーの端っこに制限酵素サイトくっつけて、PCR産物を制限酵素処理して直接クローニングするときに、
切れなくてはまる制限酵素ってあったりしない?
NEBのカタログの一番最後に付いている表(Cleavage Close to the End of DNA fragmentsというタイトル)
を参考にして外側に余分な配列を3-5merくらいは持たせるようにしているけど、あれってみんなうまくいくの?

104 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/23 19:53
>103
それって結構常識では?
私は、PCRで増やした後にどうしても切れにくい制限酵素のときは、一度TAクローニングでpGEM T-Easyにサブクロしてから、そのplasmidを切ってます。


105 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/23 21:02
いや、だから酵素の種類による癖を知りたかったんだけど。
プラスミド相手だと切れやすいけど、PCR産物の末端だと切れにくい酵素とか知られてないかと。
私もベクターに入んないときは素直にTOPO TA cloning kit使っちゃってます。
駄目だと分かってたらはじめからTA cloningしちゃいたいという、ただそれだけ。

106 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/24 00:39
>103
Nde I で卒研のころはまったなぁ。
EcoR Iでうまくいったんで何も考えずNde Iサイト入れたら、
ちっともつながんない。 先輩に相談したら常識だったと...

最近はさらに外側へ別のサイトつなげて8塩基くらい余分になるようにしてる。

107 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/24 14:23
つーことは8mer余分につければ切れるってことですか?
NdeIは絶対駄目だと思って諦めてた。

108 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/25 01:42
>>107
配列にもよるだろうけどNde Iなら8塩基くらいつければ、効率悪いけど切れてるみたい。
何%くらい切れてるか正確に確認したことないけどね。
あと、たしかNot I は10塩基くらい必要だったはず。

私もNEBのカタログだか何かで、認識サイト外側にどの程度の余裕があれば切れるかを
知りました。でも、一部の制限酵素についてしか載っていなかったような気がしますが、
最近も同じですか?研究室に行ったら久しぶりに見てみます。


109 :108:02/01/25 01:53
追伸:

検索したらNot Iは2塩基程度でいけるような事、書いてありました。
記憶ちがいだったみたい。適当かいてごめん。

ttp://www.google.co.jp/search?sourceid=navclient&q=Cleavage+Close+End+DNA+fragments

110 :M2 ◆8fbZZkx. :02/01/28 01:34
私は殆どの場合、足場は2merだけですよ。全然問題ありません。
で、足場に付ける塩基って何にしてます?
私はだいたいGG。
学部生時代に習ったのでずーっとこうしているんですが、なんか意味有るんでしょうか?

111 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 01:38
水素結合が強くてほどけにくいからじゃないの

112 :M2 ◆8fbZZkx. :02/01/28 01:49
あー、DQNぶりを発揮してしまった。。
付加した制限酵素部位より5'側はtemplateに結合しないやん、とか勝手に勘違いしておりました。
やっぱ5'側もG or Cの方が良いのですね。。
PCRの基礎から学び直しに逝ってきます(鬱

113 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 02:04
>私は殆どの場合、足場は2merだけですよ。全然問題ありません。
しつこいようだけど、Nde Iは絶対駄目でしょ?俺は7merつけても駄目だったよ。
NEBの巻末には7merあれば2hrで75%切れることになってるけどね。
ちなみに6mer以下だと全然駄目らしい。

あと、NEBの巻末を見ると、2merだときつそうな酵素も結構ある。
>>108で出てきたNot Iは、やっぱり2merじゃ全然切れないことになっている。
もっとも、この数値はあくまでもオリゴヌクレオチドを相手にした場合であって、
制限酵素サイトの片側が実質無限大のPCR産物ではもっと緩い条件でもOKなのかもしれない。

>で、足場に付ける塩基って何にしてます?
あんまりちゃんと考えてないけど、やっぱりなんとなくGCリッチにすることが多いよね。
もしくはNEBの巻末に出てる奴をそのまんま使ってみたり。
あとはプライマーが変な構造をとらないようにとか、プライマーのCG含量が偏らないようにとか。

114 :110:02/01/28 02:18
NEBのカタログに書いてあるのならばそうなんでしょう。
実はわたしはNde1は一回しか使ったことないんです。
が、外側にもう一つ制限酵素サイトを付けてあったので問題は起きませんでした。
ちなみに、6塩基認識の酵素+GGなので合計8merです。

115 : :02/02/01 23:15
切れにくい酵素とかの知識がないヤツが使った方がよく切れる気がする。


116 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/01 23:35
Double digestionにはまっています。
うちのラボは宝だけじゃなくていろんなメーカーの酵素を購入してるのですが、
会社によって塩濃度とか結構違いますよね。
で、同じ会社どうしのものなら比較しやすいのですが、
違う会社の酵素を使って Double digestionするときってどうしていますか?

117 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/01 23:38
NarIは切れにくいよ

118 :名無しゲノムのクローンさん :02/02/02 01:47
>>102
塩濃度の低い方に合わせる。常識じゃないの?
スター活性のあるのは別々。
そもそも基本的に一社でそろえるようにする

119 :NEB狂:02/02/02 10:20
NEBのカタログにDouble Digestionの適正表がありましたよ。
ちなみに、日本語だと第一化学薬品のカタログにNEBのAppendixみたいなのが載っています。
BamHI、XbaIなんかは会社によって至適塩濃度がちがいますよね。
私は各社のBufferの組成とにらめっこして自分で考えるのも手。

でも、ハマってて何度もやりなおす位なら低塩濃度→高塩濃度の2段階で切った方がよっぽど早いと思われ。

120 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 15:37
迷ったら、両方のバッファを1:1で混ぜてみるってのはダメ?

121 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/02 15:56
>>108
NEBのデータのページ
circuit.neb.com/neb/tech/tech_resource/restriction/properties/cleave_oligo.html
circuit.neb.com/neb/tech/tech_resource/restriction/properties/cleave_vector.html

いつも、Ndeの前に7塩基(EcoRIサイト+1)つけているけど問題なくNdeIで切れているよ


122 :( ゚Д゚)<ボクメーツ ◆iboKUMEQ :02/02/02 15:59
( ゚Д゚)<マジで研究したいなら
( ゚Д゚)<日本なんかにくすぶってちゃダメだろう
( ゚Д゚)<上の方の学生さん

123 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/06 06:19
やっぱり一番はDqnIだな。
認識配列はatatatatってところで。
おあとがよろしいようで。

124 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/07 12:04
NEBのKpnI買っちゃったよ・・ 切れまくりだよ・・ サイト入ってないのに・・(w
www.biowire.com/bw_jsp/product_review_list_top.jsp?tid=2207&ru=7179
今なら日本でレビューサイト作れば先行できる?アマゾンに作ってもらうとか?

ところで、BsaIとEco31Iどっちが切れなさそうですかね?
#Fermentasのカタログ届きました。いいですね、これ

125 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/10 03:58
Nde1使ってるけどライゲーション効率が低い以外の問題起きたことないな
Nde1は不安定だから古いの使うとぜんぜんだめだけど
(37度での半減期15分)
PCRではプライマー長めに設計してるので問題なくいくし

126 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/13 01:53
>>113
私は足場5塩基程度でNdeIを含むプライマーを作って何度もクローニングしていますが、
特に問題を感じたことはありませんよ。

127 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/13 19:10
>>103
Nde1とBam1で余分な配列なしでダイレクトにpETに入った経験あります!
かなりてんぱってて、pT7と同時にだめもとでpET23aにライゲしたら1発で入った!
でも、それって理論上はおかしいんですよね???
入ったからいいんだけど。。。
あせる気持ちがフラグメントに伝わったのかなぁ〜ってことにしてみてる。


128 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/20 22:03
BamHIなんか大嫌い。

129 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/06 23:40
SrfIってStratagene以外に売ってるとこありますか?

130 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/07 01:37
良すれage

131 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 02:57
ScaI逝ってよし

132 :名無しゲノムのクローンさん:02/03/23 13:49
SfiI嫌い。

133 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/07 12:51
salI Bpu1102I でコンストラクション。入らない。
鬱だ・・・・・・なぜ一ヶ月もはまっているのだろう。

134 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/09 02:52
プライマーを疑うべし。
漏れは2ヶ月くらいやってだめだったが、新しく同じ配列でプライマー頼んだら一発で入った事がある。
ちなみに、PCRは古いプライマーでもごっそり増える。

135 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/26 02:26
BspMI

136 :133:02/04/26 21:29
一ヶ月はまりコンストラクションは、同じことを繰り返したらなぜか抜けられた。
やっぱりTAKARAのがFAST LINK よりライゲーション効率はいいかね?

137 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/26 23:06
一番よく切れるのはうちの教授だ!

138 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/27 00:08
そんなことに一か月もはまっててゆるされるんだ
平和だなあ

139 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/27 05:10
>135 pUCでも切ってるの?

140 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/28 02:30
>>139
pcDNA3.1っす。
あれはなんで切れないんでしょうね。高次構造?

141 :名無しゲノムのクローンさん:02/05/02 00:15
TOYOBOのMnl1使ったことある人!
あのお値段と切れっぷりに関する情報求む。

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