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東大理 生物情報科学 特別プログラム

1 :名前は修了証に。:02/04/17 17:07

今年度からいよいよ始まった、
「東京大学理学部生物情報科学学部教育特別プログラム」

http://www.bi.s.u-tokyo.ac.jp/

バイオインフォマティクス教育に関する国立大学としては初めての試み。
今後のこの分野の発展のため、皆で意見を交換して行こうではないか。


2 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/17 20:48
現実(実験系)と仮想(シミュレーション)が巧く噛み合えば
強力な推進力になると思うよ。


3 :名前は修了証に。 :02/04/17 23:23
前回の授業(第2講)は、なかなか面白かった。
ただ、パワーポイントを用いた授業は、復習するときに困る。
ノートが取れない。

もし、教官の方がここを見る機会があったら、
そして、授業をパワーポイントで行うつもりだったら、
ぜひ、授業の前にpptファイルをアップして欲しい。

プリントアウトして、授業に持参します。

ところで、成績をどう付けるのかについて、まだ話を聞いてない気がするのだが・・・。

4 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/17 23:51
情報科学系の大学院の授業のときはレポートだったよ。
かなり情報よりの内容で生物専攻の漏れには結構大変だった…。

授業内容の資料は授業後にpptファイルがupされてたよ。
大学院の授業だから学部の方も同様なのかはしらんけどさ。


5 :名前は修了証に。 :02/04/18 18:06
今日の授業もなかなかだった。

私も、人とハエが同じということについて、
グゥの音が出ないような説明を受けてみたい。

それにしても、一つ目小僧が実在したとは。

6 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/18 21:52
>>5
それじゃ何がどう良かったのか分からん。
授業ノートをここに書け。



7 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/18 21:57
sage

8 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/18 22:04
いいなあ、東大のひと。
授業内容をこっそり教えてよお!
どんなことやってるの?

9 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/18 22:06
SFCの存在意義は無くなったということですね?

10 :名前は修了証に。:02/04/18 23:37
>>8

授業の内容は下記リンク参照。
ttp://www.bi.s.u-tokyo.ac.jp/j-gairon.html

しかし、夏まではあくまでガイダンス。
進振りを終えたばかりの3年生でも付いてこれる内容らしい。

本番は夏だ。
8週間連続の暑い夏。


>>9
残念ながら、俺はSFCがバイオインフォマティクスをやっているという話を聞いたことがない。
生化実験でのフィードバックが不可欠な学問だと考えてるから、SFCでは本格的にやることは無理なのでは?

11 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/19 16:09
18日のpptは何時UPされるんだ?
即日UPしろやゴルァ!・・・って伝えてください、次回の授業で。

12 :名前は修了証に。 :02/04/19 16:47
>>5
>>11

あっ,18日の授業はOHPと書きなぐりの板書の講義でした。
それゆえ、ノートをアップせよと言われても困ります。

13 :名前は修了証に。:02/04/21 00:17
テキストは何を使えばよいのだろう?
やはり「遺伝子」7版か?

14 :名前は修了証に。:02/04/21 00:58
あっしは4年かけて修了証をもらう予定。
夏休みをぜんぶつぶしたら自分の仕事ができんがな。
みなさまの予定は?

15 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/21 02:35
単位はもらえないのか?

16 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/21 03:04
>>15
貰えるよ。大変だけど。

17 :名前は修了証に。:02/04/21 13:01
まだ確認をしていないのですけど、
夏休みの地獄の8週間(笑)を全部受けて、それで2単位だとか。

とはいえ、バイオインフォマティクスの最先端の講義を、
一から(?)やってもらえる機会なんて、他にないよね。

何せ、会社の業務できている人もいるくらいだもの。

18 : :02/04/21 14:10
>何せ、会社の業務できている人もいるくらいだもの
え?外部の人もは入れるんですか?
今からでもいけますか?

19 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/21 14:26
>17

じゃあ、今受けている講義の分は?

20 :名前は修了証に。 :02/04/22 00:32
>>18
大丈夫だと思いますよ。

>>19

今のところは「概論」です。
これはこれで単位になります。

>>1
のリンクから授業の内容はわかると思いますが、本番は夏からと教官の方はおっしゃっておりました。


21 :名前は修了証に。 :02/04/22 10:28
>>10

自己レスで恐縮だが、SFCでもバイオインフォマティクスをやっていた。
「バーチャル細胞」というのをやっているらしい。
http://www.mainichi.co.jp/eye/feature/details/science/Bio/200005/09-4.html

とはいえ、実際のところ、SFCの学生が生化学実験をしてるとは想像しにくい。
コンピュータの方オンリーなのだろうか?

22 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/23 11:33
>>17
8週で2単位ってことは、どういった時間配分なんだ?
1日3コマ程度でも1週(5日)で2単位になる筈だが。

面倒なので、1日6〜7コマくらいで詰めてやって欲しい。
もちろん、土日も休み無しで。(盆休みが無い現状もありがたい)


23 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/24 10:37
一日三コマを一週で一講義、それで二単位。
その他に実験もあるので全部とる人はほんとに
平日全部つぶれるな。

24 :どきどき名無しさん:02/04/25 16:54
ここを見ている参加者は、
全ての担当教官に、資料をアップするように圧力をかけろ。

地方で参加できない奴が何十人もいることを忘れるなYO!
某MLにも情報が流れ無い。とにかく情報は全部載せるんだ。


お願いします。(嘆願)

25 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/25 19:38
命令したぞ!
従えよ!


26 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/25 22:35
pu

27 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/25 23:07
>24

もうチェック済みだとは思うが、今日の分はアップされてるぞ。
2日目の西郷さんがOHPシートを使ったから無いだけで、
基本的には使ったパワーポイントファイルはアップロードされんじゃない?

Byもぐりの2チャンネラーテンプル

28 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/26 09:49
Introduction to Algorithms は
第二版がでてますね。
スライド29のとこね。

29 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/26 16:49
BIOベンチャー(羊土社)の最新号に東大の生物情報科学プログラムの
インタビューが乗ってたよ。東大はトップサイエンティストの養成を
目指すんだって。

30 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/26 17:06
夏の実験は定員あり。大丈夫か?あの人数。

31 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/26 19:32
>30
漏れみたいなモグリには実験できないんで
大丈夫

32 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/27 02:48
>29
この寄せ集めのプログラムで トップサイエンティストの養成なんて無理でしょう。そもそも、こんな中途半端な教育を受けてしまった人たちって将来の職に困るんじゃないのかなあ。

33 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/27 13:09
T先生はどういう業績で評価されている?


34 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/28 02:08
BM法も知らねぇのにin silicoとか言うんじゃねーよ。

35 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/28 13:32
あれ?


36 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/28 16:15
>>32
東大生ではない自分には寄せ集めどころかかなり高度で厳選されたカリキュラムに見受けられます。
しかも講師は東大の先生でしょ?
自分は関西在住の企業研究者ですが、京大では同じようなカリキュラムってないですか?
(って・・・京大の人がここ見てるわけないか??)

37 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/28 17:24
>36

この手のカリキュラムの指定研究施設は東大、慶応大、奈良先端、後一つどこかの研究所
の4ヶ所なので、京大にはないと思われ。




38 :あれまあ:02/04/29 00:06
バイオインフォマティックスもどきの研究は、結構いろいろな大学で既に行われて
いる。SFCでもやってたが、あれは人工細胞のシュミレーションとなんとか、
やはり情報的な研究もどきだと思いましたよ。悪いとは思わないが、お遊びでしょう。
SFCというのは、某有名私大の湘南キャンパスのことで、私もあそこで仕事
をしてました。はっきり言って、私の知った限りでは、名前程のことはありません。
教官や学生の質も中途半端です。まあ、私立の文化系ではましな方でしょう。
学生に株を買わせて経済のことを教えるなど、受けをねらったことが見え見えな授業や
研究が多いみたいです。東大のように、一見愚鈍な落ち着いた学問をやっているとは
思えなかった。愚鈍というのは悪い意味ではなく、本当の学問は地味で世の中の流行に
あまり流されない落ち着いた勉強と研究が本質だということです。

この分野につき、本当の研究ができる人はまだ少ないし、これからの問題だと思う。
今はやっている人がいても、彼らもいずれ止めてしまう人がほとんどだと思う。
本当に取り組めば難しい領域のようです。情報科学を簡単に生物学に適用などできません。
東大にはどれだけ期待できるかな?


39 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 00:21
>>32 知識や技術が邪魔になるってことはないですよ。
   半端な知識・技術は害ですが。あ、半端だっていってるの?
>>36 知らないってのは怖いですねえ。(w
>>38 難しいですね。真剣に情報科学をやっている人は、生物学には
   なかなかなじめないし、いいかげんに情報科学をやってる人は、
   色気を出すだろうけど、もともといいかげんだから芽を出すことは
   できないだろうし。
   怖いのは、真剣に情報科学をやった人が、真剣にこちらの分野に
   入ってくることです。

40 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 01:18
>>38
すごいね。
教官の質が中途半端とか言っちゃって。
東大生でも別の大学のことそんな風に言わないよ。
そのSFCで仕事してたわりにはよっぽどかしこいのでしょうね。

41 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 01:29
萩谷先生とか趣味以上に生物学に関して何か考えてる?

42 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 01:32
>>40
教官の質が中途半端なのは疑いのない事実だよ。
分野自体がまだ未成熟で中途半端なんだから、これはどうしようもない。
これはつまり新しく入ってきた人が芽を出せるチャンスが大きいってことだよ。

>>41
これについてはコメントできないなあ(w
ってことで理解してください。

43 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 01:45
>36
>しかも講師は東大の先生でしょ?
東大の先生ってったって生物の方に関していえばY本先生以外は一流の人はいないよ。
また、生物の講師の先生は全員、情報の方に関してはど素人です。
おそらく情報の先生は生物にはど素人でしょう。生物化学側に関しては、研究費がほしいからS先生がこのプログラムを引っ張ってきたんであって、
真剣にこのプログラムに取り組もうなんて先生いないよ。

44 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 10:03
>>38さん

>情報科学を簡単に生物学に適用などできません。

しかし、膨大の量のゲノム情報を処理するには、
コンピュータの力を借りざるを得ず、
そのための技術を構築して行くために、
バイオインフォマティクスという分野を作ったのですよね。

最近、髪の毛の元の細胞(根毛)のところで、
遺伝子がどういうシステムで働き、細胞が死んで行くのかが分かったという報道がありました。

どこの遺伝子が働いているのかが分かれば、
そこの配列からどのようなアミノ酸配列のタンパク質ができるかが分かりますよね。

新聞では、今後有望な技術と書いてありました。

すみません。
まだ学生なので、大目に見てください。

45 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 10:55
>>44

その手の専門家の養成が急務なのは事実なんだけれど、それは
情報科学の教育ではなくて、やはりバイオインフォの教育だと
思うんだよね。横浜市立の大学院の新研究科とかが良い例かな?

僕は今回のプログラムよりは、この春にやった適塾の方がよいように
思うが?

46 :名無しゲノムのクローンさん :02/04/29 13:49
>>45
だったら、適塾の詳細をここにレポしろ。ゴルァ!


47 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 17:45
みなさん、今度の5月22日にやるとかいうシンポジウムには行きますか?
自分は現在検討中。

だって研究室のゼミあるんだもんなー

48 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 22:37
怪しい人も混じっているけど、講師を比べれば実際にバイオインフォの仕事を
している人がどちらか分かる。そんなことも分かんないの?

教授クラスでは森下・高木・中井先生は理学部の中でもバイオインフォを
やっていると言って良いでしょうけど、他は?

特に、平木さんなんてマジですか?

#みんな、UNITのおっきい予算がついたということでそこにばっか目が行きすぎです。

------------------------------------------------------------------
適塾
秋山  泰      産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター センター長
阿久津達也  京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 教授
金久  實    京都大学化学研究所 生体分子情報研究部門III 教授
鎌谷 直之  東京女子医科大学 膠原病リウマチ通風センター 所長
五條堀 孝  国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 教授
五斗  進   京都大学化学研究所 生体分子情報研究部門 助教授
高木 利久  東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 教授
館野 義男  国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 教授
谷口 寿章  理化学研究所 播磨研究所 チームリーダ
藤  博幸  生物分子工学研究所 情報解析研究部門 部門長
冨田  勝  慶応義塾大学 環境情報学部 教授
中井 謙太 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 助教授
中村 春木 大阪大学 蛋白質研究所 教授
美宅 成樹  東京農工大学  工学部 教授
蓑島 伸生  慶応義塾大学 医学部 講師
森下 真一 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 助教授
矢田 哲士 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 助教授
渡辺日出海  理化学研究所 横浜研究所
------------------------------------------------------------------
理学部
南 康文 特任教授
程 久美子 特任助教授
鈴木 匡 特任助手
高橋 史峰 特任助手
西郷 薫 教授
榎森 康文 助教授
横山 茂之 教授
山本 正幸 教授
黒田 真也 特任助教授
Rose John 特任講師
高井 貴子 特任講師
土井 晃一郎 特任助手
本蔵 俊彦 特任助手
尾崎 裕一 特任研究員
萩谷 昌己 教授
平木 敬 教授
辻井 潤一 教授
今井 浩 教授
森下 真一 助教授
高木 利久 教授
中井 謙太 助教授
------------------------------------------------------------------

49 :名前は修了証に。:02/04/29 22:49
>適塾

チラシは見ました。
参加できなかったことが悔やまれます。

しかしながら、ある程度以上の生物学の素養が参加条件だったと記憶しています。

一方で、今回組まれたプログラムは、
学部レベルでのバイオインフォマティクス教育であり、
そもそも比べられるようなものではないと思うのですがいかがでしょうか。

50 :名無しゲノムのクローンさん:02/04/29 23:20
横からスマソ

>>49

学部レベルでよいのなら,
http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/exp/database.html
というのもあるみたい.誰か出ている人いる?
http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/

51 :名無しゲノムのクローンさん:02/05/01 10:39
>>48
既知のネタをコピるな。ウザイ。
両方に出席して吠えてるなら、適塾の中身を晒せや。

52 :名前は修了証に。:02/05/01 13:53
>>51

まあまあ。
私は、名前の羅列を見て、
今回のプログラムに同じ人が来ているなと思いました。
まあ、当たり前なのですが、ちょっと安心感を感じましたよ。


>>50
参考になりました。
いろんなところで、バイオインフォの潮流がでてきているのですね。

53 :名前は修了証に。 :02/05/01 23:33
明日(5月2日)はお休みです。
先生方もGWを満喫するのでしょうね。

54 :名無しゲノムのクローンさん:02/05/02 02:49
>53
> 先生方もGWを満喫するのでしょうね。

満喫できるような先生がいるわけがない。




                            と言ってみるテスト。

55 :名無しゲノムのクローンさん:02/05/02 16:45
ま、ともあれ休みだわな。
連休明けになったらガラッと人が減っていたりして。

56 :名無しゲノムのクローンさん:02/05/04 00:08
ゴールデンウイークと五月祭かな、ふるいになるのは。

>>50 はどんな感じ?

57 :名無しゲノムのクローンさん:02/05/04 00:23
生物のしくみを数学的に解明したいというのが目標だから、
ものすごい天才じゃないと中途半端。無理。
力学の基礎を作ったガリレオとかニュートンとかに、
匹敵する内容だろ。自分の脳みそ考えろ。

58 :名無しゲノムのクローンさん:02/05/04 00:43
出来ないと思ったらぜったいできない。
出来ると思えば、出来るかもしれない。
じゃないかな?

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